Funes dicalonkan menjadi calon parti FMLN pada 28 September 2007 menentang calon Parti Nasionalis Republikan iaitu Rodrigo Ávila iaitu bekas timbalan pengarah Polis San Salvador. Funes memenangi pilihan raya presiden El Salvador 2009, dengan majoriti mutlak 51.23% undi. Dia pemimpin FMLN pertama yang tidak berjuang di perang saudara. Kempen presidennya menekankan dasar politik sederhana. Dia berjanji menaikkan cukai pada orang kaya demi penjagaan kesihatan di kawasan luar bandar dan pencegahan jenayah. Pengkritik menuduhnya pro [[Venezuela]. Tetapi beliau menekankan tumpuan kepada integrasi dengan Amerika Tengah dan diplomasi dengan Amerika Syarikat.